genepii/seqmet est un pipeline de bioinformatique conçu pour l’analyse de données de séquençage de nouvelle génération (NGS) à partir d’agents pathogènes viraux.
Le pipeline est construit à l’aide de Nextflow, implémenté avec DSL2,
il s’appuie sur des conteneurs Singularity pour ses processus et sur un fichier de paramètres json pour la flexibilité et la traçabilité. *
Ce cadre permet de maintenir facilement le pipeline tout en conservant sa portabilité et la reproductibilité de ses résultats.
Le pipeline devrait être facile à installer et conforme aux exigences de contrôle de la qualité de la communauté d’accréditation Français.
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Des exemples de datasets SARS-CoV-2 ONT / Illumina paired-end sont en accès libre aux liens suivants :
Lien dataset ONT:ARTIC-ONT
Note: Les fichiers sont archivés.
Le dataset contient :
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Une partie des fast5 du run.
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Les fastq basecallés.
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Le rapport de séquencage.
A décompresser avec la commande :
tar -xvf archive