Perspectives 

 

Depuis le début de la pandémie, le Centre National de Référence des Virus Respiratoires produit des données de séquençage haut débit (NGS) à grande échelle pour répondre aux besoins de la surveillance du SARS-CoV-2.

Ce type d’analyse est devenu primordial dans le suivi de l’évolution des pathogènes, et conditionne de plus en plus les décisions de santé publique et de prise en charge clinique.

La plateforme genEPII est au sein des services de biologie médicale du CHU de la Croix-Rousse.

 

L’équipe genEPII est en charge du développement des différents axes d’utilisation du NGS en infectiologie (métagénomique, amplicon-sequencing, whole-genome sequencing).

 

Les biologistes utilisent ces données en pratique clinique ou en recherche.

Cette activité, en phase d’essor et de diversification, va également bénéficier du déploiement d’une nouvelle infrastructure informatique en prévision de l’exploitation des résultats.

 

Enfin, on trouve au stade précoce de développement les technologies de long-reads (MiniON) pour lesquels une phase d’évaluation va être nécessaire, avec pour objectif principal la mise en place d’une filière urgence de notre séquençage haut débit.